Храм построен в 1694 на средства Новодевичьего монастыря, которому тогда принадлежало село Тропарёво. Точных сведений об авторе проекта храма нет. Своеобразием церкви является сочетание традиционной сельской церковной архитектуры с нетипично богатым оформлением фасада храма. Храм строился в конце XVII века, когда в церковной архитектуре происходил переход от украинского стиля (трёхглавие) к московскому, или нарышкинскому стилю. В 1939 году храм был закрыт. В 1988 г. в ознаменование тысячелетия Крещения Руси вышло постановление московских властей о передаче церкви Архангела Михаила в пользование Московской Патриархии.