Реконструкция церкви была начата в 1777 году, проект разработал Матвей Казаков, руководство работами осуществлял архитектор С. А. Карин. Работы велись 10 лет. Планировалось в Мещанской слободе возвести подворье митрополита Платона и Филипповскую церковь хотели сделать домовой церковью митрополита, но проект не был реализован и построенный величественный храм остался приходской церковью.Освящение церкви после реконструкции состоялось в 1788 году. В 1827 году к трапезной был пристроен придел во имя преподобного Сергия Радонежского. В XIX веке рядом с храмом возвели дома для его церковнослужителей. В 1889 году на средства купца Н. Ф.Степанова при Филипповской церкви построили богадельню. В 1896 году при церкви была открыта церковно-приходская школа. Кроме неё в приходе Филипповской церкви работал Николаевский детский приют Московского благотворительного общества, Городское начальное училище и Железнодорожное училище (в них должности учителей Закона Божия исполняли клирики Филипповской церкви). Церковь была закрыта 1939 году. В конце 1940-х годов на месте домов священнослужителей построили школу, а позднее при строительстве спорткомплекса «Олимпийского» были снесены остальные здания ансамбля церкви за исключением самого храма, который отдали под госучреждение. В 1991 году здание церкви было возвращено Русской православной церкви. 16 июля 1992 года патриарх Алексий II совершил освящение храма, начались восстановительные работы. В 1994 году при храме началось строительство Сибирского подворья. К 1997 году были построены: часовня в честь просветителей Сибирских земель (преподобного Германа Аляскинского, святителей Иннокентия Иркутского, Иоанна Тобольского, Иннокентия Московского), представительский и паломнический корпуса.