9 июля 1652 года мощи святителя Филиппа, привезённые митрополитом Никоном с Соловков были торжественно встречены в Мещанской слободе крестным ходом с участием царя и церковных иерархов и перенесены в Успенский собор Кремля. На месте их встречи в древней каменной часовне установили деревянный крест, а в 1677 году построили первую деревянную церковь во имя святителя Филиппа. В 1689 году церковь обветшала и была разобрана, а в 1691 году построена вновь из камня. В 1710 году был освящён придел во имя Алексия человека Божия, который в 1750—1752 годы был перестроен в трапезную церковь. В этот же период была построена церковная колокольня. В 1777 году настоятель церкви Максим Дионисиев писал московскому митрополиту Платону: Генваря 20 дня 1777 года, поданным Вашему Высокопреосвященству от нас прошением представлено об означенной нашей приходской церкви убогих местах, а особливо в святом алтаре от самого почти фундамента, даже до свода оказались немалые расседины, кои время от времени умножаются, наводя крайнюю опасность. и что по счиненному с общаго нашего согласия архитектором Матвеем Федоровичем Казаковым осмотру, повреждение оной церкви оказалось от слабого фундамента, отчего по мнению ево, архитектора, необходимо следует настоящую церковь со старым алтарем, исключая трапезу и имеющийся при оной придел, всю до фундамента разобрать и вновь постороить. И ныне поспешествующу Божию благополучию и Вашему архипастырскому благословению, собрано и приуготовлено, как материалов, так и наличных денег всего более пяти тысяч рублев. Того ради, Вашего Высокопреосвященства, милостивого архипастыря, покорнейше просим вышеозначенную нашу приходскую церквь разобрать и оную понову возобновить.