Церковь была построена в стиле классицизма в 1847 году на территории Сторожевского кладбища. Инициатором постройки храма выступил один из выдающихся деятелей воссоединения униатов с православной церковью в 1839 году преосвященный Михаил Голубович. Возведенная на пожертвования церковь сначала «приросла» богадельней для людей престарелых и инвалидов, а спустя несколько лет — церковной школой. После Октябрьской революции у храма были отобраны церковная утварь и украшения, церковь не раз закрывали, превращая то в склад, то в столярную мастерскую. С колокольни были сорваны маковка с крестом. Во время Великой Отечественной войны храм действовал. Однако после войны, в 1949-м году, церковь снова закрыли. Её реконструировали внутри и снаружи, вход сделали с алтарной стороны . С 1949 по 1990 год в церкви размещался Государственный архив кинофотофонодокументов БССР. В 1990 году храм был снова отдан православным верующим. 25 ноября 1990 года в Минске состоялся первый за многие десятилетия крестный ход — из Свято-Духова кафедрального собора во вновь освященную церковь перенесли в особом ковчежце частицу мощей равноапостольной Марии Магдалины.