По второй версии, выдвигаемой учеными-историками, каменная церковь Максима Блаженного появилась в Москве после обретения мощей святого. То есть не ранее 1547 года. Исследователи, придерживающиеся третьей версии, считают, церковь во имя святого Максима была построена после того, как сгорела деревянная церковь Бориса и Глеба, а случилось это в 1568 году. Как бы там ни было, но достоверно известно, что в 1568 году в Москве уже существовала каменная церковь с главным престолом, освященным во имя Максима Исповедника, а также с приделом во имя Бориса и Глеба. Следующее заметное событие в судьбе этой московской церкви также имеет несколько толкований. Принято считать, что в 1676 году церковь Максима Блаженного сгорела, и была обновлена по приказу и на средства царицы Натальи Кирилловны Нарышкиной в память недавно умершего царя Алексей Михайловича. А по мнению одного из известных москвоведов, обновление храма стоялось на следующий год после свадьбы государя с Натальей Нарышкиной, то есть в 1672 году. В 1698 году, после смерти царицы Натальи Кирилловны, два состоятельных купца-гостя Максим Шаровников из Костромы и Максим Верховитинов из Москвы решили в честь своего небесного покровителя построить новую церковь, обустроив в ней главный придел во имя Максима блаженного и южный придел во имя святого Максима Исповедника. Когда старый храм Максима Исповедника разобрали, под ним обнаружили мощи блаженного. До окончания строительства новой церкви мощи перенесли в другой храм, а позже вернули обратно, поместив в серебряную раку. Новая церковь также имела обширный подклет, но теперь он предназначался для укрытия от пожара имущества прихожан. В 1737 году, когда грандиозный пожар уничтожил почти половину центра Москвы, очень пострадала и церковь Максима Блаженного. Восстановили ее в стиле барокко – непривычной для архитектуры Китай-города. А в 1812 году и церковь и приход сумели выстоять, эта церковь была одной из немногих, в которой службы не прекратились даже в самые суровые дни войны. Судя по этому факту, храм не слишком пострадал, потому что в сильно разрушенных или оскверненных церквях служить бело нельзя. За свои действия священник церкви Игнатий Иванов после окончания Отечественной войны по ходатайству генерал-губернатора Москвы графа Ф.Ф. Растопчина был награжден наперсным крестом. В 1827 году у церкви появилась новая колокольня со шпилем, сооруженная в стиле ампир. Сейчас колокольня заметно отклонилась от своей оси, и стала своеобразной московской "Пизанской башней". Предания гласят, что страждущие вновь стали получать помощь от мощей блаженного Максима. Известна история, будто в 1860 году одной купеческой вдове во сне явился старец и велел совершить молитву святому Максиму блаженному, чтоб защитил ее от грозящего несчастья. Женщина утром отправилась в церковь на Варварке и сделала все так, как велел ей старец. Ближе к ночи ее одолела бессонница, и благодаря этому сумела заметить, ч то в доме начался пожар. Женщина успела разбудить семью и домочадцев, а также сохранить дом и имущество.