Богоявленский монастырь основан в конце XIV века женой Димитрия Донского – великой княгиней Евдокией, в иночестве Евфросиньей. Располагалась обитель в северо-западной части кремля. В Богоявленском монастыре 20 ноября 1591 г. была пострижена в инокини царица Мария Федоровна Нагая, мать царевича Димитрия. В то время обитель была деревянной и имела два храма – Богоявленский и Смоленский.