Храм был заложен в 1649 году после пожара, уничтожившего предыдущую деревянную церковь в честь Рождества Богородицы, и завершён строительством в 1652 году при царе Алексее Михайловиче. После завершения строительства храма, в 1653 году, Патриарх Никон прекратил строительство шатровых храмов на Руси. Таким образом, церковь Рождества Богородицы в Путинках является одним из последних шатровых каменных храмов в Москве. В 1935 году приход был закрыт. После закрытия в церковном здании были устроены конторские помещения, а затем репетиционная база московской дирекции «Цирк на сцене», где до лета 1990 года дрессировали собак и обезьян.В 1990 году храм был возвращён Русской православной церкви, началось его восстановление. Настоятелем храма был назначен игумен Серафим (Шлыков), однако в ночь с 1 на 2 февраля 1991 года священник при невыясненных обстоятельствах был убит. Богослужения в храме возобновились с августа 1991 года. Большой вклад в восстановление храма внёс Александр Абдулов. 5 января 2008 года в храме Рождества Богородицы в Путинках прошло отпевание Александра Абдулова.