Озеро Малое Оленье расположено в центральной части Калининградской области близ посёлка Сенцово, в междуречье рек Свобода и Голубая, и относится к озёрам Прегольской озёрноледниковой равнины. Малое Оленье вместе находящимся рядом озером Большое Оленье образуют уникальную для Калининградской области экосистему двух заболачивающихся озёр.