В 1691 г. по заказу жены Петра I Евдокии Лопухиной в Спасо-Андрониковом монастыре был заложен храм во имя Архангела Михаила. Замысел сооружения был достаточно сложен. Архангельский храм, посвященный покровителю царского дома, примыкал к трапезной палате. При трапезной же был устроен придел Петра и Павла (в честь небесного покровителя Петра I). Вверху помещалась церковь, вероятно, предназначенная для уединенных монашеских молитв, отмечающая память основателя монастыря Алексия митрополита (небесного покровителя наследника). Нижний ярус был отведен усыпальнице рода Лопухиных, где первой в 1691 году была захоронена мать Евдокии, Устинья Богдановна Лопухина. В конце XVIII века, это помещение было освящено как Знаменская церковь. Церковь строилась в господствовавшем тогда в зодчестве Москвы т. н. "нарышкинском" стиле, тем не менее по своей архитектуре она соотнесена с древней трапезной: постройки объединены общим карнизом из трех рядов поребрика. Структура церкви Архангела Михаила типична для своего времени: двухэтажное кубическое основание (четверик) завершено восьмигранником (восьмериком), увенчанным небольшой главкой. В наружном декоре активно использованы элементы западноевропейской архитектуры в своеобразной русской интерпретации: колонки с кольцевидным перехватом, разорванные завершения наличников, увенчанных декоративными шарами, капители колонн, напоминающие завершения колонн ионического ордера. Вертикальные членения постройки подчеркнуты колоннами на постаментах, сдвоенными на углах. Характер декора восьмерика отличается некоторой сухостью и иной стилистической ориентацией. Это вызвано перерывом в строительстве храма, связанным с опалой в 1698 году царицы Евдокии Лопухиной. Храм был завершен лишь в 1739 году, тем не менее, архитектурное единство здания было сохранено: грани восьмерика увенчаны стилизованными раковинами - излюбленным мотивом архитектуры нарышкинского стиля конца XVII в. Архангельская церковь благодаря своей значительной высоте стала важной архитектурной доминантой монастыря. В помещениях церкви Архангела Михаила в настоящее время развернута постоянная экспозиция музея древнерусского искусства им. Андрея Рублёва.