Храм Алексия человека Божия построен в Красном селе в 1853 году, в одном из старейших подмосковных поселений, существовавшем уже в XII—XIII веках. Первые летописные упоминания о Красном селе относятся к 1480 году. Село было расположено у древней Стромынской дороги. Эта дорога шла из Москвы через сёла Преображенское и Черкизово в село Стромынь (Ногинский район Московской области) и далее на Владимир и Суздаль. Своё название село получило по расположенному в нём Великому (Красному) пруду, площадь которого равнялась площади Московского Кремля (23 га). К началу XVII века село становится большим и густонаселённым. В записях шведа Петра Петрейя, побывавшего в Москве в 1608—1611 годах, говорится, что «близ Москвы лежит большая деревня, в которой до 700 крестьян и ремесленников, она называется Красное село». В середине XVIII века село входит в черту города и становится окраиной Москвы. В 1837 году из центра на окраину Москвы, в Красное село был переведён Алексеевский монастырь. Первым храмом монастыря стала местная приходская церковь Воздвижения Честного Животворящего Креста Господня с приделом во имя Тихвинской иконы Божией Матери. В 1841 году в ней был освящён придел в честь преподобного Алексия человека Божия.