Первая церковь во имя архангела Гавриила на этом месте была впервые упомянута в записях переписи 1551 года. К 1657 она была перестроена в камне, и была увеличена в 1679. Двадцатью годами позже влиятельный государственный деятель Александр Меншиков объединил земельные участки к югу от современных Чистых прудов. Церковь Архангела Гавриила стала домовой церковью его семьи, которая проживала в соседнем квартале с запада, на месте нынешнего Центрального почтамта.
В 1701 году Меншиков отремонтировал старую церковь, а в 1704 году приказал её снести и построить новую. Новая церковь была структурно завершена к 1707 году, превысив высоту колокольни Ивана Великого на полторы сажени (3.2 метра) и составила 84.3 метра. Башня была увенчана 30-метровым шпилем с флюгером в форме ангела.
Реконструкция первоначального вида церкви со шпилем - https://upload.wikimedia.org/wikipedia/ru/0/01/Mensh_tower.jpg
Первоначальное здание Меншиковой башни в Москве было богато украшено декоративной скульптурой, но большая её часть была утрачена в XVIII веке.
В 1710 году Меншиков был назначен губернатором Санкт-Петербурга и бросил все свои московские проекты, забрав большинство мастеров с собой.
В 1723 году в башню ударила молния, и пожар полностью уничтожил верхнюю деревянную часть с часами. Колокола упали, проломив своды и частично уничтожив интерьеры нефов. Полвека служба совершалась только в малых приделах (на хорах и в трапезной), в то время как главная башня стояла обезглавленной до 1773 года. В 1773-1779 башня была восстановлена масоном Г.З. Измайловым и приобрела свою нынешнюю форму: вместо разрушенного верхнего восьмиугольника был сооружен компактный купол в стиле барокко. Вазы по углам первого восьмиугольника, установленные в 1770-х годах, заменили собой утраченные статуи 1723 года.