Церковь в честь пророка Ильи была первой церковью города, согласно «Сказанию о построении града Ярославля» она была заложена князем Ярославом Мудрым одновременно с самим городом — в честь того, что легендарная победа князя над медведем произошла в день этого святого. Располагалась она, как предполагается, на месте современной Ильинско-Тихоновской церкви. Современный каменный храм построен в 1647—1650 годах на месте двух деревянных храмов — старой холодной церкви Ильи Пророка и тёплой церкви Покрова Богоматери на средства богатейших купцов гостиной сотни братьев Иоанникия и Вонифатия Скрипиных. Вела строительство артель местных мастеров, имена которых неизвестны. К завершению строительства Скрипины были одарены патриархом Иосифом частицей ризы Христа, которая хранилась в Успенском соборе Московского кремля. Изредка от неё отделяли частицы и посылали в дар в знак особого расположения, пока это не было запрещено. В честь получения святыни был сооружён шатровый Ризоположенский придел.