Храм Михаила и Федора Черниговских посвящен одним из самых почитаемых русских святых. В 1246 году черниговский князь Михаил Всеволодович и его боярин Федор были жестоко казнены во время своего пребывания у хана Батыя в Золотой Орде. Поводом для этого события послужила их преданность православной вере и свойственное им мужество. Они ответили отказом на приказ хана Батыя исполнить языческие обряды, за что и были умерщвлены. Своим подвигом князь Михаил и его верный боярин Федор олицетворяли непоколебимость веры и стойкость русского народа под бременем Татаро-Монгольского ига. Храм в честь этих святых был построен в 1675 году на месте Ивановского монастыря, перенесенного ранее ближе к царским усадьбам. В 1695 году на средства благотворительницы купчихи И. И. Малютиной храм был перестроен в смешанном стиле барокко и русского узорочья: четырехугольной формы, с горкой кокошников и пятью главами на тонких, вытянутых барабанах. До 1920-х гг. Храм Михаила и Федора Черниговских существовал как придельный к соседнему храму Усекновения Главы Иоанна Предтечи. В 1924 году православный храм был передан в пользование протестантской церкви, однако в 1934 году наряду с большинством московских религиозных сооружений был закрыт. Позднее были снесены главы храма, а здание стало использоваться как склад. Ценнейшая икона «Троица ветхозаветная», написанная около 1675 года, была передана в Государственную Третьяковскую галерею, где находится до настоящего времени. В 1980-е гг. была произведена реставрация храма с восстановлением куполов, руководил работами архитектор С. С. Кравченко. В 1991 году Храм святых Михаила и Федора Черниговских был возвращен Русской Православной Церкви. В 1993 году заново произошло освящение храма, и в этом же году начались первые богослужения.