В прежние времена возвышенное место, занимаемое монастырем, было окружено с трех сторон рвами и покрыто густым «черным» лесом, отчего и именовалось Черным островом. Поэтому и сам монастырь получил название Черноостровского, а по расположенному на нем храму Святителя Николая – Никольского.