Церковь во имя Святых Отцов Семи Вселенских Соборов в Даниловом монастыре была впервые построена в 1555–1560 гг. и освящена в мае 1561 года митрополитом Московским Макарием в присутствии царя Иоанна Грозного. Недалеко от храма в 1650-1670 гг. была сооружена трапезная Покровская церковь с приделом в честь пророка Даниила, которая и стала основой нынешнего храма Семи Вселенских Соборов, после того, как обветшавшая церковь во имя Святых Отцов Семи Вселенских Соборов была разобрана в 1730 году. Своды Покровского храма стали цокольным этажом возводимого здания. В 1729-1730 гг. был построен верхний "летний" храм с главным престолом в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, позже, в 1752 г. над западным притвором и папертью нижнего храма была поставлена ярусная церковь в честь Даниила Столпника. Северный придел в храме был устроен в 1806 году и посвящен основателю Даниловой обители благоверному князю Даниилу, тогда же был устроен и южный придел во имя святых страстотерпцев благоверных князей Бориса и Глеба. Церковь Семи Вселенских Соборов отцев стала уникальной по своему композиционному решению для московской архитектуры - на нижнем храме располагались два верхних храма. К тому же посвящение храма памяти Святых Отцов Семи Вселенских Соборов явилось первым в истории русского православия. После закрытия монастыря в 1930 году храмы были разграблены и перестроены. В мае 1983 года обитель была возвращена Русской Православной Церкви. К празднованию 1000-летия Крещения Руси монастырь был отреставрирован, в том числе были восстановлены все три храма, существовавшие до революции. Храму Святых Отцов Семи Вселенских соборов был возвращен облик, исторически сложившийся в XVII-XIX веках. Верхний храм церкви был освящён 26 марта 1988.