По распоряжению Екатерины II в 1766 году в монастыре была учреждена тюрьма для «безумствующих колодников». В 1829 году здесь скончался доведённый до сумасшествия декабрист Фёдор Шаховской. В 1826 году по приказанию императора Николая I в Суздальский Спасо-Евфимьевом монастыре был заточён предсказатель Авель. Он скончался в нём 29 ноября 1841 года, погребён за алтарём монастырской Никольской церкви. С 1820 по 1832 г. в монастырской тюрьме содержался лидер секты скопцов Кондратий Селиванов, который в ней и умер. Здесь же с 1869 года отбывал заключение лидер секты прыгунов Максим Рудомёткин, в 1857 объявивший себя воплощением Святого Духа. В тюрьме Спасо-Евфимьева монастыря он составил 14 пророческих книг, вошедших в священное писание прыгунов «Книга солнца», и скончался в 1877 году. В «Суздальской крепости» в XIX веке содержались старообрядческие священнослужители. В 1923—1939 годы в монастырской тюрьме существовал политизолятор. В 1941 г. после начала Великой Отечественной войны в монастыре был организован проверочно-фильтрационный лагерь, в котором солдаты и офицеры РККА проходили проверку после пребывания в плену и окружении противника. Через него прошло 8232 человека. 1 января 1943 г. монастырь стал лагерем военнопленных, в котором содержались офицеры и генералы вермахта, итальянской, румынской, венгерской и испанской (Голубая дивизия) армий. В частности, в нём содержался фельдмаршал Фридрих Паулюс. С 1946 по 1967 гг. на территории монастыря размещалась воспитательно-трудовая колония для несовершеннолетних преступников (сначала мальчиков, а после бунта 1947 года — девочек).