Монастырь был основан в 1435 году уроженцем Нижнего Новгорода Макарием, прозванным с того времени Желтоводским, поскольку так стал называться монастырь, построенный на волжских пойменных лугах у Желтого озера. Уже в 1439 году обитель была сожжена и разорена татарами. Макария отвели в плен, но вскоре выпустили на свободу, взяв обещание не возобнавлять монастыря на прежнем месте. Макарий ушел в костромские леса и впоследствии основал другой монастырь на Ужне. Таким образом, история архитектуры монастыря в Макарьеве на Волге начинается только со времени его возобновления в 1620-е года и постройки здесь в 1624 году первой деревянной церкви.