Во времена правления Елизаветы Петровны, в 1753-1755 гг., над южными воротами Высоко-Петровского монастыря была сооружена кирпичная церковь Пахомия. Изящная церковь в стиле характерном для московского барокко была поставлена на древнем основании ворот монастырской усадьбы. Храм возвели на пожертвования настоятеля монастыря архимандрита Пахомия в память его небесного покровителя - Пахомия Великого. Церковь была упразднена после 1812 г., а в 1914 г. возобновлена с новым именем Святых апостолов Петра и Павла. В 1920-е гг., церковь, как и все монастырские учреждения, была закрыта. Из-за неправильного использования храм начал разрушаться. После 1990 г. он был отдан на реставрацию. Возвращен РПЦ в 1997 г., для богослужений не используется.