Первый храм обители был построен в честь Святых Отцев в Раифе и Синае избиенных. Деревянную церквушку в 1708 году заменяет двухэтажный кирпичный храм: одноглавый четверик с трёхчастным алтарём и трапезной. С юга в 1892 году был пристроен двухэтажный корпус, а у северо-западного угла до девятнадцатого века к храму примыкала ярусная колокольня. В наши дни отреставрированная церковь является самой старой постройкой монастыря. Самая молодая постройка Раифского монастыря - собор в честь Святой Живоначальной Троицы, заложенный в 1903 году по проекту архитектора Ф. Н. Малиновского на месте старого храма, построенного в конце 17 века, и освященный 6 июня 1910 года архиепископом Казанским и Свияжским Никанором. Храм сей славился замечательнейшей акустикой - пение четырёх иноков на хорах слышалось окрест на 2 версты. К сожалению, в начале 20 века в обители не было достаточно средств и троицкий собор так и не был расписан.