В 1996 году Патриарх Алексий II принял решение о создании подворья Пюхтецкого монастыря в Москве, и в качестве главного храма для подворья был избран именно Храм Николая Чудотворца в Звонарях. Работы по восстановлению храма начались в 1994 году, силами трёх послушниц Пюхтицкого монастыря, переехавших в Москву и новых прихожан, приходивших в церковь. Главный престол храма посвящен Благовещению Пресвятой Богородицы. Кроме того, имеется придел Николая Чудотворца и приставные приделы — святителя Алексия, Усекновения главы Иоанна Предтечи, преподобного Сергия Радонежского, Успения Божией Матери и святителя Димитрия Ростовского. Наиболее почитаемые святыни храма — икона «Успение Божией Матери» и икона Божией Матери «Взыскание погибших», которая была спасена в годы разорения храма одной из прихожанок, передана Пюхтицкому монастырю, а при создании подворья монастыря в Москве возвращена обратно в церковь.