На этом месте находилась церковь Симеона Дивногорца, выстроенная по обету Иоанна III в 1468 году за один день, в благодарность за то, что сильный пожар Москвы не перекинулся на Кремль. Эта церковь упоминается в 1625 году. Нынешняя церковь выстроена в 1657 году вплотную к церкви Симеона Дивногорца, чем объясняют перелом стены северного придела. Церковь неоднократно перестраивалась. В XVII веке церковь именовалась церковью Николая "в Блинниках" (Сытин упоминает, что тут действительно торговали блинами), но в XVIII веке "Блинники" каким-то образом трансформировались в "Кленники". Есть предположение, что это связано с явлением иконы св. Николая в подмосковной деревне Кленники. В метрике 1886-87 гг. отмечено: «По сохранившемуся устному преданию, на том месте, где теперь находится церковь, в старину была кленовая роща». Церковь существенно перестроена после пожара 1701 года: верхнюю часть четверика разобрали, а нижнюю превратили в подклет, над которым возвели новый, двусветный объем с апсидой и притвором, приобретший черты "нарышкинского стиля". После пожара 1748 года церковь была значительно обновлена, в 1749 году возведена колокольня. О других обновлениях церкви упоминают в 1853, 1868, 1894 годах. На втором этаже был устроен главный Казанский престол. В 1920-х годах был восстановлен внешний декор, утраченный при реконструкциях XVIII-XIX веков. В конце 1920-х в храме был устроен придел Алексия, человека Божия. В 1932 году храм был закрыт. Последняя Божественная Литургия совершалась на Благовещение. После нее единственный к тому времени остававшийся на свободе священник храма был арестован. 6 октября храм был окончательно закрыт и разорен. С колокольни была снесена глава, а с четверика - глава вместе с восьмигранным барабаном, так что завершаться он стал просто четырехскатной крышей. Здание церкви использовалось после внутренней перепланировки как подсобное помещение соседних учреждений - в доме №3 располагался ЦК ВЛКСМ, который и разместил здесь свою бухгалтерию. Алтарная часть использовалась под кассы. В четверике на уровне высоких окон был выстроен верхний этаж. Все церковное убранство и росписи стен были с большим тщанием уничтожены, исключение стоставила лишь роспись недоступно высокого потолка четверика Казанского придела.. Часть здания храма была перестроена под жилье. Здание состояло на государственной охране. После возвращения храма верующим 18 июля 1990 года разрушенные главы были восстановлены.