Храм Никиты Мученика был закрыт в 1936 году. Церковные ворота и ограда были разрушены, а само здание храма от сноса спасло только вмешательство общественности. В середине 1950-х годов за реставрацию храма взялся известный советский архитектор Лев Артурович Давид. В здании храма вплоть до 1990 года располагался склад студии «Диафильм». В 1991 году храм Никиты Мученика был передан Русской Православной Церкви. В 1992 году он становится подворьем (московским представительством) Афонского Пантелеймонова монастыря, в настоящее время здесь проходят подготовку будущие насельники этой обители. В 1996 году были построены церковные ограда и Святые врата, в башнях которых были устроены часовни святого великомученика Пантелеймона и преподобного Силуана Афонского.