Храм на этом месте известен с 1613 года, когда он был выстроен на бывшем опричном дворе Ивана Грозного мастером Дружиной Коптевым. В то время это были владения Ивана Николаевича Романова, дяди царя Михаила.
В 1671г. двор, перешедший в казну после смерти И.Н.Романова, был пожалован Кириллу Полуэктовичу Нарышкину; его сыном, Львом Кирилловичем, и была в конце 1680-х гг. (по другим источникам в 1691г.) построена ныне существующая церковь в стиле московского (нарышкинского) барокко.
Шереметевым двор стал называться по имени одного из владельцев Николая Шереметева, который купил московскую усадьбу почти у стен Кремля в 1799-1800гг.
По некоторым сведениям, храм строился известнейшим московским зодчим Яковом Бухвостовым, основным строителем при Нарышкиных, возведшим в их имениях не одну церковь. Изначально церковь была домовой, и только в 1722г. была обращена в приходскую.
Храм на высоком подклете опоясан с трех сторон галереей, на которую выходят отделенные от основного объема приделы, примыкающие к центральной апсиде. Композиция храма «иже под колоколы» сочетает в его основном объеме одновременно и храм, и колокольню, поставленную над сводом храма.
После революции, в 1929г. храм, находившийся в ведении больницы 4-го Главного управления Минздрава СССР (знаменитой кремлевской больницы), был закрыт, трапезная сломана, стесаны белокаменные украшения нижнего яруса. В подклете разместилась хозяйственная часть, а выше – столовая больницы.
В 2004г. храм передан верующим, идет его реставрация