Муромский монастырь расположен на восточном берегу Онежского озера, на узкой полоске земли шириной около километра, между двумя озерами - обширным Онежским и малым Муромским. С одного конца эта полоска ограничена протокою, соединяющей оба озера, с другой - к ней подходят топкие лесные болота, так что до обители можно добраться только водой. Когда-то на гати была дорога через болото, но со временем разрушилась.